Trong tương lai không xa, nhân loại đã phát triển được những bộ giáp chiến đấu mà chỉ có nữ giới sử dụng được, gọi là Infinite Stratos(IS). Tuy nhiên việc quân sự hoá chúng đã bị ngăn cấm, và IS biến thành một môn thể thao đối kháng phổ biến trên toàn cầu. Orimura Ichika, một nam sinh nhưng lại bất ngờ có thể sử dụng được IS, thế là cậu bị chuyển tới Học viện IS - nơi duy nhất trên thế giới đào tạo phi công IS. Và cuộc sống học đường đầy cam go của một thằng con trai giữa một rừng con gái bắt đầu.